Die Produktion von „Zwischen zwei Welten“ brachte einige Herausforderungen mit sich. Die Dreharbeiten im Vatikan waren zeitlich stark begrenzt und viele Aufnahmen mussten spontan an die Gegebenheiten vor Ort angepasst werden. Zusätzlich erschwerten wechselnde Lichtverhältnisse, Windgeräusche und eingeschränkte Drehmöglichkeiten die Umsetzung.

Auch in der Postproduktion war Flexibilität gefragt: Durch die starke emotionale Wirkung der Interviews entwickelte sich die Geschichte während des Schnittprozesses weiter, wodurch die ursprüngliche Dramaturgie teilweise neu gedacht werden musste. Die grosse Menge an Interview- und Bildmaterial erforderte zudem eine sorgfältige Auswahl, um eine klare, authentische und berührende Geschichte zu erzählen.